De pur style roman, la crypte est construite au XIIème siècle dans le but d’agrandir la terrasse. Elle sert de fondation à l’église supérieure. Pendant 400 ans, jusqu’aux guerres de religions, les reliques de Saint Amadour y ont été exposées sans se dégrader.

Autrefois église paroissiale, aujourd’hui, la messe y est célébrée de nombreuses fois en semaine.