En 1166, la dépouille d’un homme inconnu est découverte près de l’entrée de la chapelle Notre-Dame. Conservée intacte dans la crypte jusqu’au pillage protestant de 1562, il pourrait s’agir de l’un de ces saints ermites établis dans le canyon de l’Alzou à partir du VIIème siècle, et dont la grotte pourrait avoir été la première chapelle du site. La piété populaire lui a donné le nom d’Amator, « amoureux », « ami » de Dieu et de Marie, très typique de la littérature courtoise de l’époque.

Depuis 2016, après les cérémonies solennelles qui ont marqué le 850e anniversaire de la découverte du corps de Saint Amadour, les reliques sont de nouveau exposées dans la basilique à la vénération des fidèles dans un reliquaire réalisé par l’artiste David Pons.